Liên quan đến việc Thanh tra Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn phát hiện sai phạm nghiêm trọng của 11 tổ chức, đơn vị doanh nghiệp được Cục Trồng trọt chỉ định chứng nhận chất lượng phân bón, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Cao Đức Phát đã chỉ đạo kiên quyết xử lý đến cùng, vi phạm đến đâu xử lý đến đấy, không có vùng cấm, không bao che, kể cả là xử lý hình sự.