Mặc dù nhiều địa phương đã tích cực, chủ động giải quyết vấn đề về quản lý tài nguyên môi trường biển và hải đảo, tuy nhiên , bên cạnh những kết quả đạt được, vẫn còn nhiều vấn đề phải quan tâm giải quyết như: Suy thoái cảnh quan, hệ sinh thái biển và ven biển; ô nhiễm môi trường, sự cố môi trường biển, biển ven bờ có dấu hiệu gia tăng…