Từng trải qua một thời kỳ gặp nhiều khó khăn do kinh doanh thua lỗ, trích lập dự phòng lớn với các khoản nợ phải thu khó đòi, tổn thất chờ xử lý, đầu tư tài chính dài hạn không hiệu quả... tuy nhiên, trong thời gian gần đây Tổng công ty Lương thực miền nam - Công ty cổ phần (VINAFOOD II) đã có nhiều chuyển biến tích cực trong chế biến, kinh doanh xuất khẩu lương thực, thực phẩm bảo đảm nhu cầu tiêu thụ trong nước và xuất khẩu, góp phần bình ổn thị trường lương thực, nhất là trong thời điểm dịch Covid-19.