Theo Quyết định, mục tiêu chung của Đề án nhằm quản lý và bảo vệ tốt các hệ sinh thái biển, ven biển và hải đảo; tăng diện tích các khu bảo tồn biển, ven biển đạt khoảng 6% vào năm 2030 diện tích tự nhiên vùng biển Việt Nam, góp phần bảo tồn đa dạng sinh học, phục hồi và bảo tồn các hệ sinh thái biển quan trọng, bảo đảm tính toàn vẹn và mối quan hệ tự nhiên giữa các hệ sinh thái đất liền và biển; chủ động ứng phó với biến đổi khí hậu và nước biển dâng; phát triển bền vững kinh tế biển gắn với đảm bảo quốc phòng, an ninh, giữ vững độc lập, chủ quyền và toàn vẹn lãnh thổ, hướng tới mục tiêu đưa Việt Nam trở thành quốc gia mạnh về biển, giàu từ biển.