Chùa tọa lạc ở phố Bạch Mai, quận Hai Bà Trưng, thành phố Hà Nội. Chùa do Lân Giác Thượng sĩ thuộc Thiền phái Lâm Tế lập vào năm 1726, đời Vua Lê Dụ Tông.
Thượng sĩ chính là Phò mã Trịnh Thập, con trai Tần Quang Vương, cháu nội Chúa Trịnh Căn, lấy con gái thứ tư Vua Lê Hy Tông. Một lần ông cho đào đất ở gò cao sau nhà thì thấy một cái ngó sen. Ông cho là mình có duyên với đạo Phật nên đã biến phủ đệ thành chùa và xuống tóc xuất gia. Chùa ban đầu mang tên Liên Tông, đến đời Tự Đức, đổi thành chùa Liên Phái để tránh húy. Chùa có hai ngôi tháp lớn. Phía trước là tháp Diệu Quang cao 10 tầng, hình lục lăng, xây vào khoảng thế kỷ XIX, đặt xá lợi Tổ Diệu Quang cùng 5 nhà sư khác và ở vườn tháp sau chùa có tháp Cứu Sinh, là tháp mộ của Lân Giác Thượng sĩ được xây vào khoảng năm 1733. Chùa đã được Bộ Văn hóa công nhận là Di tích lịch sử - văn hóa quốc gia.
Chùa Liên Phái hay còn gọi là chùa Liên Tôn, nằm trong ngõ Liên Phái, phố Bạch Mai (quận Hai Bà Trưng, Hà Nội). Một đặc điểm nổi bật so với các chùa ở Hà Nội là chùa Liên Phái có niên đại hơn 250 tuổi, hơn nữa, trong chùa còn có một ngôi tháp Cửu Sinh cũng có niên đại hơn 250 tuổi. Đây là ngôi tháp cổ nhất và có lai lịch rõ ràng nhất trong khu vực nội thành ở Hà Nội.
Sự tích về sư tổ ngôi tháp Cửu Sinh được kể lại như sau: Trịnh Thập sinh năm 1696, là con trai Tấn Quang Vương Trịnh Bính. Trịnh Thập lấy con gái thứ tư vua Lê Hy Tông (1676-1705) được lập phủ riêng ở phường Hồng Mai (sau đổi tên là Bạch Mai). Một lần, Trịnh Thập cho đào đất ở gò cao sau nhà để xây bể cạn thì thấy trong lòng đất có một cái ngó sen (không thấy nói là bằng chất liệu gì). Trịnh Thập cho đó là dấu hiệu của Phật và tin rằng mình có duyên với đạo Phật. Ông bèn biến phủ đệ của mình thành chùa gọi là chùa Liên Tông, gọt tóc đi tu đồng thời trở thành vị tổ thứ nhất của chùa này. Trịnh Thập mất năm 37 tuổi (1733) hài cốt được táng trong ngôi tháp xây ở giữa gò, nơi dạo trước đã đào được ngó sen.
Chùa được xây dựng vào khoảng thế kỷ thứ 18, lúc mới xây dựng chùa có tên là Liên Hoa. Năm 1733 đổi tên là chùa Liên Tông. Đến năm 1840, vì phải kiêng tên húy vua Thiệu Trị, cho nên đổi tên chùa là chùa Liên Phái như ngày hôm nay.
Theo như tấm bia hiện còn ở trong chùa khắc vào năm Tự Đức thứ 10 (1857) thì chùa được xây dựng vào năm Bảo Thái thứ 7, tức năm 1726. Chùa đã được tu bổ nhiều lần, đợt tu bổ lớn nhất là vào năm Ất Mão 1855, đã tu bổ lại nhà tổ, nhà tầng, hành lang phải và trái, tô tượng Phật, v.v. hết một nghìn quan tiền công đức. Công việc này làm trong sáu năm trời mới hoàn thành. Đến năm Kỷ Tị 1869 lại làm thêm gác chuông, xây dựng tường bao quanh với quy mô rộng lớn. Hai bên cổng của chùa Liên Phái là hai hồ nước rộng. Ngay trước cổng là ngôi tháp Diệu Quang hình lục lăng cao mười tầng. Tiếp đến là nhà bia, có 34 tấm bia ghi lại sự tích của chùa và các lần tu bổ, trên tấm bia còn ghi tên những người đóng góp công đức tu bổ và xây dựng lại chùa. Qua sân rộng là nhà bái đường và khu tam bảo, khu thờ phật. Từ tam bảo đi qua một sân nhỏ là đến nhà tổ. Sau chùa là khu vườn tháp được xây dựng trên một gò đất cao, có chín ngôi tháp xây thành ba hàng. Hàng thứ nhất có hai ngôi tháp. Hàng thứ hai ở giữa có năm ngôi tháp gồm những ngôi tháp cao, trong đó có ngôi tháp Cửu Sinh xây bằng đá. Hàng thứ ba có hai ngôi tháp. Ngoài ra, trong chùa còn có một ngọn tháp cao chín tầng kiến trúc đẹp xây dựng vào khoảng năm 1890.
Trong chùa Liên Phái, ngoài tượng Phật còn có tượng Thượng Sĩ Lân Giác, một quả chuông có chữ "Liên Tông tục diện" (nghĩa là Liên Tông kế tục sáng ngời) nét chữ thời Lê Trung Hưng. Theo như tấm bia dựng năm Tự Đức thứ 7 thì các đời sau của phái Liên Tông có: Sư Tổ thứ 2 là sư tổ Khai Sơn, sư Tổ thứ 3 là sư tổ Bảo Sơn, sư Tổ thứ 4 là sư Tổ Từ Phong...
Quy mô hiện nay của chùa hầu như không thay đổi gì mấy so với lần sửa chữa giữa thế kỷ 19. Chùa Liên Phái với tháp Cửu Sinh đã làm cho chùa có giá trị rất lớn. Chùa đã được Bộ Văn hóa-Thông tin xếp hạng là Di tích kiến trúc nghệ thuật năm 1962.
Hiện nay Thượng Tọa Thích Gia Quang Phó tổng thư ký kiêm chánh văn phòng I HĐTS TWGHPGVN đương kim trụ trì .
ST