Hiện nay, thủ thuật nội soi dạ dày được chỉ định khá rộng. Việc chẩn đoán bệnh bằng nội soi có độ chính xác cao hơn so với phương pháp chụp X quang hay siêu âm. Ngoài việc chẩn đoán bệnh, nội soi dạ dày còn được chỉ định để lấy các dị vật ống tiêu hóa, điều trị xuất huyết tiêu hóa, xét nghiệm vi khuẩn HP, giúp lấy các mẫu mô sinh thiết từ tổn thương hoặc niêm mạc dạ dày gửi xét nghiệm khi nghi ngờ ung thư .