Năm 2014 thực hiện Quyết định số 2671 ngày 01/10/2014 của Ủy ban nhân dân tỉnh Vĩnh Phúc về việc “Tổ chức lại các đơn vị sự nghiệp y tế trên địa bàn huyện Bình Xuyên”, theo đó, sáp nhập 3 đơn vị gồm: Bệnh viện Đa khoa huyện, Trung tâm Y tế huyện, Trung tâm An toàn vệ sinh thực phẩm thành Trung tâm Y tế Huyện Bình Xuyên. Đến ngày 31/5/2018 tiếp tục sáp nhập Trung tâm Dân số huyện vào Trung tâm Y tế huyện, từ đó bộ máy được ổn định, công tác y tế có bước phát triển vững chắc, chất lượng khám chữa bệnh được nâng cao, là cơ sở chăm sóc sức khỏe tin cậy của Nhân dân.