Đây là một ngôi chùa có ý nghĩa lịch sử đối với cả nước vì ngôi chùa gắn với truyền thuyết thời Hùng Vương dựng nước buổi ban đầu. Đã được ghi trong Đại Việt sử ký toàn thư, Đại Nam Nhất Thống Chí, Thông Giám Cương Mục và cả Sơn Tây Trí.
Cái ánh nhìn đầu tiên khi vào chùa là những bậc cầu thang dài dẫn tới cánh cổng nơi có hai chự Hộ Pháp, dưới tán lá của cây đa to đã trải qua nhiều năm tháng, một nét thanh bình và một cảm giác trong lành của cảnh quan nơi đây.
Nằm trong quần thể di tích lịch sử của kinh đô Văn Lang thời đại Hùng Vương. Theo như sự tích nơi đây có một tiên ông giáng thế đã giúp cho Lạc Long Quân và Âu Cơ phân định ngôi thứ và đặt tên cho 100 người con. Xếp xong ngôi thứ và đặt tên cho tất cả các hoàng tử tiên ông từ nơi ấy bay về trời. Chỗ tiên ông dừng chân có tên gọi là hòn đá Gành. Để ghi nhớ sử tích, nhân dân nơi đây đã tự nguyện đóng góp xây dựng ngôi chùa, lấy tên chùa là Hoa Long Thiền Tự. Bên cạnh ngôi chùa nhân dân còn xây dựng một ngôi đền là đền Thánh Thủy (Hà Thần) thờ Thủy Long Cung.
Ngôi chùa được xây dựng với bề thế vững trãi, dáng cổ kính. Theo Ngọc phả sử tích ghi chùa được xựng từ thời Lê Triều Cảnh Hưng Vạn Thất Niên, Sơn Nam Đại, Nhị Thập Bát Tuế Tứ Đinh Sửu, Tam Nguyệt Lục Nhật.
Các bậc vào cổng Tam quan rất thoáng đãng, thanh tịnh. Trong chùa có hai bức hoành phi sơn son thiếp vàng và hàng chữ đại tự. Với các kiến trúc hạng mục công trình kiến trúc riêng biệt gồm có: Bảo tháp tổ sư nơi thờ Sư tổ Thích Đàm Đĩnh, vườn tháp, nhà bia đá nơi ghi những nhà tịnh tài đã công đức xây dựng chùa, nhà vong, nhà Mẫu, nhà Trai đường, Nhà Cầu, nhà thư viện...
Đại Hùng Bảo điện
Từ nhân quảng đại
Chùa còn lưu giữ được một số cổ vật quý và văn tự các đời Lý, Trần, Lê, Nguyễn. Ngôi chùa được Nhà nước phong kiến thời Nguyễn đưa vào kế hoạch trùng tu cuối thế kỷ 18. Liền kề Hoa Long thiền tự là đình Việt Trì, thờ Thánh tổ Hùng Vương, ở giữa là đền thờ Hoa – Dung công chúa, năm 1944 còn giữ được 6 đạo sắc phong của Vương triều Nguyễn, nay vẫn còn dấu vết nền móng bằng đá ong.
Hiện nay ngôi chùa vẫn còn lưu giữ hai báu vật, chứng minh cho sự ra đời và tồn tại của ngôi chùa này: Chuông đồng và khánh đồng. Qủa chuông đồng cao 1,27m đường kính 0,60m trên chuông đồng có ghi 4 chữ: Hoa Long Thiền Tự và bài minh chuông... Khánh đồng rộng 1,24m, cao 1.02m được tạo dáng hình lá đề. Khắc chữ Hán cả hai mặt. Mặt trước khắc 4 chữ lớn: Hoa Long Thiền Tự, mặt sau cuối ghi “Kỷ mùi niên mạnh hạ dương trù hồng khánh-Tháng tư năm Kỷ Mùi đức khánh lớn)
Cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp năm 1946-1954 Việt Trì bị tái chiếm, thực dân Pháp càn quét đình chùa. Sau ngày hòa bình chùa Hoa Long được xây dựng lại với tính chất tạm thời. Thầy Thích Đàm Trầm thấy rõ ý nghĩa lịch sử của Hoa Long thiền tự nên cùng các đệ tử di lạc quyên khắp nơi… Năm 1994 khởi công tái thiết, cho tới năm 1997 Hoa Long thiền tự được khánh thành. Chùa tọa lạc trên đồi cao đúng vào cái nền cũ của năm 1886 với diện tích 2846m2 riêng ngôi chùa nhà Tam Bảo nơi thờ Phật rộng tới 300m2. theo dáng cổ 8 mái, các góc có đầu đao cong, trên nóc có hình nhật nguyệt, co song vân...
Cổng Tam Quan được xây dựng hai tầng kiên cố: Tầng 1 có 3 cửa được gọi là Đại Đạo, Trung Đạo, Hạ Đạo. Nhà Tổ được xây dựng trên diện tích 135m2 nhà cấp 4 năm gian, ở giữa có hậu cung để thờ Phật Tổ còn hai bên là nơi để các Ni sư nghỉ ngơi tĩnh lại. Cho tới nhà giảng đường được xây dựng trên diện tích 400m2.
Lầu đôi công chúa đây là một công trình kiến trúc mang ý nghĩa lịch sử liên quan đến hai công chúa con gái vua Hùng Vương, được xây dựng trên 49m2 ngôi nhà hai tầng tám mái, các dầu đao được trạm khắc tinh tế, có trống đồng, chim lạc của thời đại vua Hùng Vương...
Trải qua nhiều năm tháng cho tới nay Hoa Long thiền tự với các hạng mục công trình đã thể hiện được toàn cảnh của chùa là tổng hòa của sự kiến trúc. Tạo lập một thế giới riêng yên bình. Làm cho mọi người nơi đây ai cũng cảm nhận được sự linh thiêng và một cảm giác lắng đọng
ST