Cho đến tận ngày nay nguyên nhân của ung thư vòm vẫn không được biết một cách chính xác, mặc dù có nhiều giả thuyết về nguyên nhân như có sự hiện diện của vi-rút Epstein-Barr (EBV), hút thuốc lá hoặc thường tiếp xúc với khói nhang, đặc biệt chế độ ăn mặn, ăn đồ khô, ăn đồ cháy... Hiện nay giới khoa học đang tập trung nghiên cứu về sự tác động qua lại giữa những yếu tố cơ địa (host factors), sự nhiễm vi-rút EBV và chế độ ăn như đã nêu ở trên.