Định hướng bảo vệ môi trường biển và ven biển, phòng chống thiên tai được Chiến lược biển Việt Nam chỉ rõ, đó là hạn chế, ngăn chặn ô nhiễm và suy thoái môi trường biển, nhất là bảo vệ và phát triển bền vững các hệ sinh thái biển và ven biển, sẽ tạo điều kiện thuận lợi để phát triển kinh tế-xã hội và phục vụ phát triển bền vững đất nước. Do đó, mục tiêu bảo tồn biển là nhằm bảo vệ các hệ sinh thái, các loài thủy sinh vật biển có giá trị và tầm cỡ quốc gia hoặc quốc tế về khoa học, giáo dục, du lịch và giải trí.