Với chức năng đầu tư cho vay, bảo lãnh tín dụng cho doanh nghiệp nhỏ và vừa, song do đại dịch Covid-19, năm 2021, Quỹ Đầu tư phát triển và Bảo lãnh tín dụng đối mặt với rất nhiều khó khăn: không tiếp cận được khách hàng, nhiều khách hàng đề nghị giãn thời gian giải ngân, lùi thời điểm đầu tư dự án. Bên cạnh đó, Quỹ đang trong giai đoạn chờ cấp thẩm quyền phê duyệt Đề án cơ cấu lại Quỹ, lĩnh vực được mở rộng đầu tư nên hoạt động gặp nhiều hạn chế.